معظم له برای دیدن خواهر و مادرش به عراق- نجف مسافرت کرد . و پس از دو سال و نيم  اقامت در کنار مرقد پاک و مطهّر امیر المومنین علیه السلام و ادامه مبارزه با حكومت پهلوي به ایران باز گشته و همان زمان توسط نیرو های مزدور سلطنتی دستگیر می شود. در ايران ايشان را به زندان تهران بردند و مورد بازجويي قرار دادند .بازجويي ايشان 5 روز به طول انجاميد. و سر انجام بعد از سي و پنج روز ايشان را آزاد كردند.رژيم پهلوي همانطور كه بعد از قيام گوهرشاد  بهلول را عامل بيگانه (از عوامل انگليس )خواند ، در زماني كه بعد از سي سال شيخ بهلول به ايران بازگشت نيز در بين مردم شايعه كردند كه وي به حضور شاه رفته و از او طلب  عفو كرده .شيخ بهلول :«اينكه بين مردم مشهور شده كه بنده به حضور شاه رفته ام و از او عفو خواسته ام دروغ محض است ، بنده در تمام عمر خود با محمد رضا پهلوي يا پدرش و همچنين هيچ يك از خاندان و كارمندانش  غير از نصيري ملعون كه رئيس سازمان امنيت بوده و از بنده بازجويي كرده روبرو نشده ام و از او هم عفوي نخواسته ام »امروز به فلان زندانى مثل مى زنند كه 15 سال يا 20 سال و بيشتر در زندان بود، ولى خوانندگان بدانند، شيخ محمد تقى بهلول گنابادي واعظ انقلابى ضد رضاخان ، 31 سال در زندانهاى مختلف افغانستان زندانى بوده و پس از اين مدت طولانى باز هم با همان روح انقلابى و شور و نشاط منبر مى رفت و مردم را براى دفاع از اسلام و مبارزه با زور و ظلم و بيگانگان دعوت به مقاومت مى كرد، و اصرار داشت كه براى پيروزى قطعى بايد مردم صفوف خود را در خط رهبرى و ولايت فشرده كنند و يقين بدانند كه در اين صورت پيروزى حتمى است .

اين عالم فرزانه سرانجام در نهم مرداد 1384  دار فاني را وداع گفت